La Autonomía o Gobernabilidad Wounaan se entendió siempre por las comunidades y las autoridades indígenas que participaron en este diagnóstico como la capacidad de auto determinarse como Pueblo Indígena, legislando desde su pensamiento ancestral o ley de origen, administrando desde sus autoridades tradicionales y organizaciones los procesos que resultan vitales para su pervivencia como Pueblo Wounaan. Se reconocieron las limitaciones a la autonomía pero también su capacidad de definir y administrar los proyectos productivos para la subsistencia y el intercambio, el ejercicio pleno de autoridad y la aplicación de sus propias normas en sus territorios, la posibilidad de orientar sus procesos educativos y reivindicar la validez de su conocimiento indígena, construir desde su cosmovisión los mecanismos para proteger a las comunidades de las amenazas espirituales y físicas que se ciernen sobre ellos, haciendo respetar las prácticas medicinales propias y decidiendo las formas en que podrán acceder e integrarse al sistema de salud del estado Colombiano, así como la posibilidad de volver a controlar por sí y para sí mismos la utilización de recursos naturales de acuerdo a los ritmos del río y de la Selva y no de las presiones externas por su acelerada explotación.